L'histoire suit les aventures d'un héros tentant de libérer son vaisseau des envahisseurs de l'espace..
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Alors que le Sidonia poursuit sa route à travers l'espace et continue son combat contre les Gauna, Norio Kunato réveille par hasard "l'âme" d'Ochiai, un scientifique autrefois banni par le ...