Les tortues, Leo, Raph, Donnie et Mikey, font cavalier seul pour la première fois et sont confrontées à de nouvelles menaces tout en gérant les pressions liées à l'entrée au lycée de New York..
Les Tortues Ninja sont en fuite et vivent désormais leurs aventures en solo. Leonardo est le leader, mais il est perdu sans personne à diriger !...