Neo-Tokyo, Japon, 2020. Sahashi Minato, étudiant de 19 ans vient de rater pour la seconde fois son examen d’entrée à l’université. Alors qu’il rentre chez lui, il rencontre Musubi, charmante jeune fille littéralement tombée du ciel. Celle-ci, attaquée par deux autre jeunes femmes aux pouvoirs surnaturels, est à la recherche de son Ashikabi. En effet Musubi est une Sekirei qui veut participer à un tournoi secret organisé par une étrange multinationale, la MBI, où doivent s’affronter 108 Sekirei et leur Ashikabi. Musubi ne pouvait trouver meilleur partenaire que Minato….
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Étudiant de 20 ans, Minato Sahashi a un très gros manque de confiance en lui et échoue très souvent à l'examen d'entré à l'université ! Mais sa vie banale et ennuyante va vite se term...