Lycéenne de première année, Kurokami Medaka est une jeune fille qui souhaite obtenir le poste de présidente des élèves. Si elle remporte cette élection, elle prétend qu'elle est prête à résoudre tous les soucis, qu'ils soient sentimentaux, ou même familiaux des élèves. Elle leur affirme que s'ils confient par écrit ces problèmes dans une boîte spéciale, elle n'hésitera pas à leur venir en aide, de quelque manière que ce soit. C'est ainsi que Medaka obtient le poste, grâce aux 98 % des voix que lui ont donné les élèves. Dès lors, elle demande à Hitoyoshi Zenkichi, un ami d'enfance, de rejoindre le conseil des étudiants, afin de la soutenir dans cette tâche….
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Medaka est de retour au Lycée Hakoniwa et reprend sa place parmi le conseil des étudiants aux côtés de Hitoyoshi, Kikaijima et Kouki. Mais les choses ont changé depuis son combat contre U...